نفي تقرير صادر عن مجلس الوزراء تدخل الأزهر الشريف في اختيار وزير الثقافة ، ونفي التقرير صحة ما نشر حول تدخل الازهر ، حيث أن ذلك يُخالف النظام المؤسسي الذي تقوم عليه كافة هيئات ومؤسسات الدولة المصرية.
وأضاف التقرير أن المشيخة تحترم إستقلالية كافة مؤسسات الدولة ولا تتدخل في شئونها بأي شكلٍ من الأشكال، ولكنها تعمل معها في إطار المنظومة المُتكاملة الواحدة التي تعمل لتحقيق مصلحة الوطن،
كما أشارت مشيخة الأزهر إلى أن البروتوكول المُوقع فيما بينها وبين وزارة الثقافة هو أحد أشكال التعاون الذي يتم بين كافة مؤسسات الدولة، وهو أحد خُطوات تجديد الخطاب الديني، وأكدت أيضاً أنه تم توقيع بروتوكولات أخرى مع وزارات الشباب والرياضة والتربية والتعليم والري، وغيرها من وزارات ومؤسسات الدولة للمُساهمة في تحقيق أهداف تجديد الخطاب الديني، ولا يُعد ذلك تدخلًا في شأن أيٍ من هذه المؤسسات أو الوزارات.